表面上過著平凡高中生活的紅真九郎，實際上是經營著所謂的麻煩事務處理所的麻煩解決人。一日，同樣負責解決事務的柔澤紅香小姐，收到了保護神秘少女九鳳院紫的任務。本不想接受任務的紅香，在少女的表情之下動容，要求真九郎負責這一任務。第二天，住在真九郎寓所的紫感到不安，而真九郎不顧其感受去學校上學。結果，當他從學校回到家中，紫已經不知去向。委托人真九郎能否完成任務？紫的真實身份又是什麽？根據小說《紅》改編的動畫，將會對迷題一一解答。