自己的陽台欄桿上出現了像被單一樣掛在上面的少女，這種非現實的情節出現在了上條當麻的眼前。雖然在這個城市——最先進科學引導的學院都市中，超能力已經可以通過科學技術創造出來，但是眼前這位自稱“茵蒂克絲”的少女還是把上條當麻嚇了一條。茵蒂克絲自稱因擁有十萬三千本魔導書而被魔法師追殺，而上條當麻靠自己的超能力也認定了少女的魔法。少女以危險為由離開上條家，上條如往日一般去學校學習，但放學回家，卻發現茵蒂克絲倒在血泊之中。在科學與魔術交叉的世界中，上條當麻與茵蒂克絲的故事開始了。