在第二次新吉恩戰爭、別名“夏亞的叛亂”終結後,地球圈取得了短暫的和平。 這之後3年,宇宙世紀0096年。在工業殖民地“工業7號”上進行了一項秘密交涉。內容為--被認為是地球聯邦政府暗中操控的“比斯特財團”將把最高機密“拉普拉斯之箱”交給新吉恩的殘黨軍“袖付”。 另一方面,在安納海姆工業專門學校就讀的少年巴納吉·林克斯遇見了自稱為奧黛麗·本的少女(實為舊吉恩公國次男多茲魯·扎比之女,美耐巴·扎比)奧黛麗為了制止新的戰爭爆發,必須組織“拉普拉斯之箱”的交易。巴納吉在數次幫助奧黛麗之後,逐漸被她所吸引。 隨後,地球聯邦察覺了這起交易,並進行軍事介入,工業殖民地隨即化為一片火海。巴納吉和同伴一邊避難一邊尋找著奧黛麗,而出現在他面前的是比斯特財團的當家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯將出生的秘密告訴了巴納吉,並且將箱之鑰匙--“機動戰士高達獨角獸”托付給他。 隨後,一場圍繞“拉普拉斯之箱”的戰爭開始了……