《餅乾警長》故事發生在一個神奇的食品王國,王國里居住著各種各樣的餅乾人,他們單純而善良,快樂地生活著,不按常理出牌的餅乾警長與慢性子助手曲奇警員是王國的守護者,他們與妄圖奪取王國統治權的霉臉大盜一夥鬥爭到底,在餅乾城里展開了一系列有趣的警匪故事。