宇宙移民與宇宙戰爭的歷史—宇宙世紀終結後，時光飛逝，人們迎來新的歷史Regild Century(R.C.)，並開始了繁榮與和平的生活。 RC1014年，聳立大地連接地球和宇宙的軌道天梯Capital Tower(首都塔)，從宇宙中為人類帶來作為地球能量之源的Photon Battery，故被視為是聖地。其守護組織Capital Guard候補生貝爾利·傑納姆在初次飛行的時候遭到所屬不明MS G-SELF的攻擊。貝爾利使用維修檢查用MS與其交戰並成功捕獲。然而貝爾利對G-SELF的駕駛者，名為アイーダ・レイハントン的宇宙海賊少女產生了某種感覺。不滿足特定條件便不會啟動的G-SELF對貝爾利產生了某種反應。宇宙海賊和アイーダ的目的、被G-SELF選中的貝爾利的命運、令RC全體動搖的真相——這一切只不過是Reconguista的開始。