故事設定在一個身懷魔力的人類瀕臨滅絕的世界，武力的最高境界從使用利劍，轉而到使用魔法，繼而變成了使用槍械。就讀於培訓用以取締殘存魔力威脅的“異端審問官”專業機關——“對魔導學園”的男主角草薙哮，是個完全不會使用槍械，只靠一柄刀與敵人交鋒的另類。而他率領的第35試驗小隊又被稱為“雜魚小隊”，顧名思義是由一群劣等生拼湊而成的團隊。某一天，擁有“魔女獵人”資格的超精英持槍高手鳳櫻花，竟然加入了這支隊伍。在帶領隊員動身執行回收魔導遺產的任務中，一場學園動作奇幻大作就此開始。