2029年3月某日,某國大使館遭到一群經大規模義體改造的武裝分子的入侵,眾多外國使節及其同儕眷屬淪為人質,事態十萬火急。草薙素子(阪本真綾 配音)召集巴特(松田健一郎 配音)、陀古薩(新垣樽助 配音)等得力屬下,並制定了周密的營救計劃。誰知當一切都按部就班進行之時,意外突然發生。與此同時,距離大使館不遠的一座摩天大樓內,日本首相遭到密碼箱炸彈的暗殺,素子之前的上司陸軍501機關的機關長庫露茲(淺野麻由美 飾)也在爆炸中喪生。經過縝密追查,素子等人發現一種能夠篡改記憶的病毒正在網絡蔓延,而她的身世居然和一連串的事件有著密切聯系。危機當前,陰謀悄然復出水面…… 本片根據士郎正宗的同名原作改編,系《攻殼機動隊》誕生25周年紀念作品。