漆黑的夜晚,一名間諜悄然潛入日本警方某機構,盜走了記載著各國諜報機構重要數據的絕密文件的絕密數據。日本警方和FBI探員赤井秀一(池田秀一 配音)旋即與間諜展開追逐。最後,逃亡者的車輛墜落懸崖。第二天,柯南(高山南 配音)和夥伴們來到東都水族館觀光,結果發現一名受傷的美麗女子(天海佑希 配音)。該女子處於失憶狀態,身上的手機也破損無法使用。柯南等人答應要幫她恢復記憶,當他們七嘴八舌之際,藏在暗處的黑衣組織成員貝爾摩德(小山茉美 配音)冷冷地註視著這一切。在相處過程中,女子非凡的身手和奇怪的言行舉止讓灰原哀(林原惠美 配音)對其真實身份產生懷疑。 剛剛還一派祥和的水族館,沉浸在快樂之中的人們,根本會想到隨著那名神秘女子技藝的恢復,自己馬上就要被捲入黑暗組織的殺戮和混亂之中……