本作是為了紀念在1996年起開始的《游戲王》系列漫畫連載二十周年所推出的動畫電影。 在跨越無數的試練後,武藤游戲與身體內的另一人格“暗游戲”進行最終決戰並獲勝,在作出正式訣別後踏上各自的旅途。 在經歷一段時間後,游戲等人重新回歸平凡的生活。然而,一名自稱藍神的神秘少年卻出現在他們的眼前。另一方面,將暗游戲視為勁敵的海馬瀨人,在暗游戲消失的地方發掘“千年積木”並打算將其重新完成,試圖再度復活暗游戲。