21世紀初,人類將多數人留在被哥斯拉蹂躪的地球上,僅使被選中的人們乘上恆星間移民船·阿拉特拉姆,前往能夠移居的“約定之地·τ星e”。但這一計劃失敗,人類只得再度返回地球。而長距離亞空間航行所引發的時空歪曲,導致人類回到的地方變成了“兩萬年後的地球”。在這個地球,主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時,與埃克西弗、比爾沙爾德兩種族的異星人共同實行謀劃了20年的“對哥斯拉戰術”,通過殊死戰鬥成功擊倒了哥斯拉。 但喜悅並未持續多久,深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現身了。兩萬年間持續成長生存、身高300米、質量超過10萬噸,在進化成這種姿態的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前,晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被視為人類的殘存者“弗圖亞”之民,米亞娜。弗圖亞是他們在這個地球首次遇到的人型生命種族。他們會是人類的子孫嗎——。“弗圖亞的神也被哥斯拉擊破,如今只剩下卵。挑戰者、抗爭者,全部被火焰吞噬而消失了”面對這樣的他們,晴男回應道“這是以人類的雙手奪回地球的最後機會了”。 另一方面,比爾沙爾德的指揮官·加爾格,註意到弗圖亞使用的箭頭是由“自律思考金屬體·納米金屬”所制造而歡喜。這和21世紀他們在富士山麓作為“對哥斯拉決戰兵器”所開發、在啟動前遭到破壞的“機械哥斯拉”由同種物質所構成。這正是當時的開發設備至今仍然殘存的證明——。