孫悟空為了拯救終年無雨的花果山，孤身前往只招收神仙學員的仙法學院——三星洞，拜師菩提老祖學習變化無窮的仙術。求學期間孫悟空除了交到一群肝膽相照的好友外，還發生了很多歡樂有趣、啼笑皆非的故事。然而此時，東海龍王正在暗中研制藥物，通過控制傀儡的意識使之成為無情的殺手，向天庭復仇。孫悟空與他的同學們發現了龍王的陰謀，齊心協力試圖阻止這場將會殃及蒼生的爭鬥，與東海龍王展開了上天入海、橫跨仙人兩界的終極大戰。孫悟空也在此次大戰中完成了成長與蛻變，領悟了七十二變的真義。