四個情同手足的烏龜少年一直生活在隱秘的下水道中,在師父(成龍 配音)的訓練下,他們成為了功夫高超的“忍者神龜”,渴望被人類接納的四小只,在人類朋友艾普的幫助下,開始追蹤一個神秘的犯罪集團,但隨著一支強大變種生物軍隊的降臨,同樣屬於變種生物的忍者神龜們知道,這下大麻煩來了……