忍者現在也存在於日本。其數量約為20萬。被稱為“NIN（National Intelligence of NINJA）”的忍者組織不受國家文官統制，那些精銳們秘密地從事暗殺和破壞活動。 然而，還有一個與“NIN”敵對的另一個忍者組織“UN”。忍者和忍者——暗鬥的最後將會是什麽結局？然後，被投入戰鬥最前線的雲隱九郎等下忍的命運是？
