「在逐漸沉沒的世界，我找到了你。」在近未來，不明原因的海平面上升導致大面積地表被海水淹沒。幼時因意外事故失去了一條腿的少年斑鳩夏生厭倦了城市生活，遷居到了海邊的鄉村小鎮。他無親無故，留給他的只有曾屬於海洋地質學家的祖母的船和潛水艇，以及債款。夏生為了取回自己“失去的未來”，潛入大海尋找據說沉睡著祖母遺產的海底倉庫。他在那里找到的，是沉睡在棺材狀裝置中的神秘少女——亞托莉。她是幾乎與人類無異的，精巧且感情豐富的機器人。從海底被打撈上來的亞托莉說道。「我想完成主人留下的最後一道命令。在那之前，我來做夏生的腳！」在逐漸沉入海中的安寧小鎮，少年與機器人少女難以忘懷的夏天開始了——