故事講訴了遭受校園暴力的女高中生真子,在圖書館發現了一本有關忍者的兒童書《雷風刃》,這本書成了她唯一的心靈安慰。她的面前出現了書中的忍者西洛和尤亞,帶著真子穿越到了江戶時代。在伊賀的世界里通過傳說中的忍者才藏的指南,真子開始了忍者修行,而《雷風刃》中的反派原田堪助出現在了現實世界。