令人感到十分諷刺的是,假面騎士滅亡迅雷再次成為了人類的敵人。 哉亞日本公司發生了大規模爆炸事件,而罪魁禍首竟然是滅亡迅雷站?面對新聞發布會上記者的質問,刃唯阿表示暫不做任何回應。上級也在不斷施壓,假面騎士巴爾坎(不破諫)與假面騎士瓦爾基里(刃唯阿)不得不做出抉擇。 理解人類和修碼吉亞兩方立場的不破諫與刃唯阿,都有各自的堅持,是為了守護所有生命而戰?還是為了自己的規則而戰? 他們與假面騎士滅亡迅雷之間的戰鬥究竟結果如何——!?