故事發生在遙遠的未來,肆虐的異生獸給人類的安全帶來了巨大的困擾,為了抵擋異獸的進攻,日本政府成立了防衛組織TLT,其中,夜襲隊擁有著最強大的實力和最強勁的武器,是整個組織內部的中堅力量。 然而,面對經過了進化的新型異生獸,夜襲隊亦束手無策,在這個節骨眼上,光之巨人奈克瑟斯奧特曼和它的適能者姫矢準(桐島優介 飾)出現了。在奈克瑟斯奧特曼創造出的美塔領域中,奧特曼和異獸之間展開了激烈的鬥爭。孤門一輝(川久保拓司 飾)是TLT里的新進成員,當他目睹了奈克瑟斯奧特曼強大的力量後,開始對奧特曼的起源和姬矢準的神秘過往產生了興趣。